Au niveau national il y'a
http://www.itransports.fr/ Après il a les même défauts que multitud: bug un peu, trajets un peu surréaliste quelques fois, tout en étant largement plus puissant et fiable. Mais on peut s'en servir comme multitud, c'est-à-dire trouver des trajets de transports collectifs qu'on ignorait complétement. Et pour les trajets non alambiqués il fonctionne très bien.
En tout cas pour test je viens de me faire un itinéraire qui passe par les cars du rhône, les TCL, la SNCF, et la RATP. Et ça fonctionne très bien :-) Entre Lyon et Grenoble ça marche moins bien, mais il faut dire qu'avec les bouts de ficelles qui existent sur ce trajet, ce n'est pas évident.
edit: Moviken, l'éditeur de ce site, semble spécialisé dans les solutions informatiques de transports à destination des professionnels et des collectivités. Tiens pour les fondus du vélo on dirait qu'il a même fait des études sur la
cyclabilité de certaines villes !