L'aménagement du réseau routier avait été sorti du périmètre des contrats 2007-2012, au profit des transports collectifs. Il a été réintroduit dans les contrats 2014-2020, qui concernent donc tous les modes de transports terrestres et maritimes.
Selon la FNAUT, la volonté de l’État est claire : abandonner les lignes ferroviaires, régionales et interrégionales, les moins fréquentées (du type UIC 7 à 9) et pousser les Régions à réinvestir dans les routes (selon le gouvernement Ayrault, “ le routier n’est plus tabou ”). Cette politique est déjà engagée par l’État avec l'abandon de la liaison IC Lyon - Limoges.
Les Régions acceptent volontiers cette orientation de l’Etat, selon la FNAUT. La disparition de certaines lignes ferroviaires leur permettant de faire des économies grâce aux transferts sur route de services TER auxquels les usagers sont massivement opposés, et les élus restant persuadés des bienfaits
économiques des investissements routiers. Exemples fournies pour la FNAUT.
- Auvergne : la Région Auvergne refuse d'inscrire au prochain CPER la rénovation de la section centrale Laqueuille–Eygurande (22 km) de la liaison Clermont-Ussel-Limoges/Bordeaux malgré son faible coût, alors qu’elle pourrait bénéficier de participations de RFF, de l’État et de la Région Limousin. Elle refuse aussi de participer à la rénovation de la section Thiers–Noirétable (22 km) de la ligne Clermont–Thiers–Saint-Étienne.
- Poitou-Charentes : la présidente Ségolène Royal veut des investissements routiers massifs dans le cadre du Contrat de plan État-Région 2014-2020 et déclare : « on avait beaucoup de retard sur le train, on l'a rattrapé (NDLR : une incroyable contre-vérité) ; maintenant, il est de mon devoir de rattraper le retard pris par le réseau routier ».
- Rhône-Alpes : RFF a annoncé qu'il ne financerait plus l'entretien du tronçon central Clelles - Aspres-sur-Buëch de la ligne Grenoble-Veynes-Gap et que, sans travaux d'entretien (20 millions d’euros sont nécessaires), ce tronçon serait fermé en 2023 au plus tard, ce qui couperait les relations entre Grenoble et les Alpes du Sud. Déjà de nombreux ralentissements des trains à 50km/h y sont imposés. La Région ne s’est pas (encore) engagée financièrement, alors que 5 lignes régionales sont menacées de fermeture.
La négociation des CPER se fait sans la moindre concertation avec le public. Le financement de la part Etat des CPER est suspendu à l'écotaxe. En raison de ce manque de visibilité sur ses propres ressources, l'Etat a bloqué le processus de négociation des CPER, qui devaient être finalisés en juin. Son objectif est désormais de pouvoir signer les CPER au 2ème semestre 2014.
