Si j'ai bien lu entre les lignes, il ne s'agit pas d'une suppression pure et dure... petites explications.
- oui l'infrastructure entre Genève et Annecy est très très dégradée, surtout du côté des Eaux-Vives et de nombreux investissements sont prévus (BAL sur Annemasse, nouvelle liaison "haut de gamme" Genève - Eaux-Vives - Annemasse =CEVA, reprise du plan de voies d'Annemasse) et à plus long terme d'autres investissements sont en réflexion avec à très long terme le shunt de la Roche-sur-Foron. C'est clair que c'est pas le tronçon Annecy - La Roche, mais plutôt le tronçon à l'approche d'Annemasse et vers Genève (qui de toute façon devrait être fermé d'ici une année et pour ~4 ans pour permettre son enfouissement, doublement et prolongement sur Cornavin) qui pose problème au niveau capacité.
- concernnant la hausse de fréquentation de 25% par an, il ne s'agit certainement pas de la liaison Annecy-Genève mais plutôt de la ligne dans son entier, où la fréquentation croît plutôt du côté de la frontière que du côté d'Annecy... cette liaison étant assez inefficace entre ces deux villes (rebroussement à Annemasse)
- les trains vont continuer à circuler, mais le cadencement privilégie les missions Annecy - St Gervais et St Gervais - Annemasse - Lyon ou Genève. La suppression des trains directs réponds aussi à la croissance autrement plus importante sur Evian - Genève. Il y a encore pas si longtemps les directs sur cette relation étaient quasi inexistants et là ils deviennent quasi systématiques... pour info la Région a introduit un TER 2N pour faire face à l'augmentation de fréquentation. Pour aller d'Annecy à Genève il faudra donc prendre le bus ou faire correspondance à la Roche, sachant qu'il y a déjà une ligne départementale via Cruseilles qui est de toute façon plus confortable à utiliser que le train aujourd'hui. Il est nécessaire de faire des arbitrages et impensable de passer du jour au lendemain de quelques trains par jour à un train toutes les 30/60 minutes sur toutes les missions.
- le sillon alpin continue d'exister sur Genève Cornavin (et non Eaux-Vives!) - Bellegarde - Culoz - Aix-les-Bains - ...
Tout ça n'est pas véritablement une surprise, les schémas d'exploitation déjà validés depuis quelques temps (2003) n'ont jamais mis l'accent sur cette liaison, mais plutôt sur le périurbain... donc faire du bruit maintenant en criant au scandale sans relever les points positifs de gens qui se disent défenseurs du rail et de la mobilité alternative... je trouve que ça ressemble plus à la défense d'intérêts particuliers d'un petit groupe de personnes qu'autre chose, mais les politiques ne peuvent pas se permettre de le dire officiellement comme ça... bref c'est certainement pas le premier, ni le dernier qui va survenir. Le schéma est connu sous le nom "schéma DTPR" et est disponible dans sa version simplifiée et politiquement validée sur
www.dtpr.org. Le projet d'agglomération franco-valdo-genevois devrait apporter des précisions plus opérationnelles, mais non forcément légitimes, dans le même sens. Le premier projet a été présenté aujourd'hui, la validation politique devrait intervenir début octobre et la mise à disposition au public dans le courant de décembre... à suivre sur
http://www.projet-agglo.org/ (c'est le projet auquel j'ai consacré le plus de temps durant tout l'été).
a+
playschool
Enfin c'est mon opignion personnel 
