A mon avis, il y a 3 problèmes de nature différente :
- Ce que l'on appelle le millefeuille territorial avec l'enchevêtrement des compétences. On en a déjà beaucoup parlé.
- Les relations entre collectivités entre-elles et entre les structures administratives qui n'ont de légitimité que par la délégation de compétences des dites collectivités..
- L'inadéquation du découpage routier avec celui des transports publics ce qui déresponsabilise en quelque sorte les élus ( Le département gère les routes départementales, pas les voies ferrées. Donc il fait ce qui est de sa compétence, de la route, sans avoir toutes les cartes en main pour faire des choix et inciter au report modal ).
Le transport, c'est le déplacement de marchandises ou de personnes d'un point A à un point B. On est donc par nature dans des relations permanentes entre différentes collectivités ( A et B ) qui ont besoin de travailler ensemble tout en défendant leurs intérêts propres. L'idée selon laquelle il faudrait absolument confier à une administration supérieure les relations qui sortent du périmètre d'une collectivité est à mon avis dangereuse car elle reviendrait à les opposer les unes aux autres et à se désengager des questions structurelles, pratiques et financières. ( C'est un peu ce qui se passe actuellement dans les mairies : chaque maire demande une meilleure desserte de sa commune puisque le financement sera noyé auprès de l'ensemble des communes du Grand Lyon )
D'ailleurs, on vient de réouvrir une ligne Lyon- New York sans avoir pour autant un gouvernement mondial....
Le rôle de l'échelon supérieur, si rôle il doit avoir, c'est l'organisation globale du réseau, la "structure" qui permet de mutualiser les moyens et d'offrir un schéma cohérent qui dépasse les questions strictement locales. Lorsqu'on envoie

à Meyzieu, ça ne concerne pas uniquement les communes traversées mais également toutes les communes périphériques qui vont bénéficier, d'une manière ou d'une autre, de la réorganisation des déplacements dans le secteur.
Je suis pour une imbrication de type "poupées russes" en matière de transports publics. Parceque Lyon est dans le Rhône, que le Rhône est en Rhône-Alpes et que Rhône-Alpes est en France, il doit y avoir une déclinaison progressive de l'offre de transport en fonction des principes que je viens d'énumérer.
Concrètement, ça veut dire qu'à partir du moment où une ligne départementale traverse une intercommunalité, elle doit devenir de fait une ligne urbaine dans sa portion urbaine, accessible aux mêmes conditions que sur le réseau local (selon possibilités, évidemment ) . En contrepartie, l'intercommunalité a le devoir d'accepter les titres départementaux sur son réseau et/ou de compenser financièrement. ( C'est ce qui se fait en Isère et qui devrait être développé ailleurs)
De la même manière, (et c'est là que ça devient intéressant ), à partir du moment où une ligne régionale ( donc un TER ) traverse un département, elle devrait de fait être intégrée au réseau départemental. En contrepartie, le département accepte les titres TER sur ses lignes et compense financièrement une partie du service à la Région.
Par ricochet, tout est alors intégré et les collectivités sont condamnées à s'entendre pour fixer ensemble l'offre et les tarifs. Encore une fois, il ne s'agit pas d'avoir une super-structure qui s'occupe de tout ce qui se passe dans le moindre détail au sein de son périmètre mais au contraire de fournir les outils pour permettre à chacun d'agir à son niveau en responsabilité et dans un esprit de cohérence.
Le syndicat mixte permet de rassembler divers acteurs autour d'une même table. C'est, je pense, un concept à élargir et à développer en fonction des enjeux.
Des syndicats mixtes à géométrie variable permettront de faire avancer des dossiers avec les acteurs concernés par ces dossiers.
Par contre, pour être efficaces et démocratiques, il est indispensable que ces syndicats mixtes s'appuient sur les compétences respectives des collectivités qui le composent.
On en revient au point de départ....
Penser les transports en commun du XXIème siècle.