@Eric : Non, ce n'est pas une bêtise. Mais ce n'est pas prévu par la Loi.

La loi sur les métropoles ne touche pas à la question des TER et des transports interurbains (hormis les dispositions qui ont permis l'extension du SYTRAL au reste du 69). C'est d'ailleurs pour ça qu'il y a des discussions dans une autre loi en cours de préparation et portant sur la réforme territoriale (voir sur le forum le sujet consacré à la fin des départements).
Pour l'instant, sauf de rares exceptions énumérées par la Loi, tout ce qui relève de l'organisation des trains circulant sur le réseau national ("SNCF mobilité", anciennement "RFF") est de compétence régionale et doit être confié à la SNCF. Pour schématiser : la Région détermine les services et paye la SNCF pour les assurer. ça compte aussi pour les anciennes dessertes ferroviaires de voyageurs du réseau national qui ont été transférés vers les cars (ex. les lignes en Ardèche qui vont à Aubenas ou Privas depuis la vallée du Rhône).
@Nanar : Je ne comprends pas bien ta question (ou plutôt le raisonnement qui la précède).

Si les dessertes ne sortent pas du RFN et que la seule qui chose qui change, c'est la fin du monopole SNCF, ce serait toujours la Région qui resterait AOT. Pour les TER, on est sur la logique suivante : si l'infra est du RFN, alors la Région est l'AOT.
Le seul moyen - si le monopole SNCF est supprimé et toutes choses égales par ailleurs - que je vois pour faire confier la gestion à une autre AOT est de se mettre d'accord pour qu'elle soit intégrée aux compétences du syndicat mixte type SRU (SMTAML).
Si on sort maintenant du cadre légal (puisque des lois peuvent être votées dans un sens ou un autre), est-ce que ça aurait une pertinence que le SYTRAL organise des dessertes ? Sur le papier, je pense que oui. Mais pour que ça marche, il faudrait mettre des gardes-fous. ça ne me choquerait pas que le nouveau SYTRAL puisse devenir compétent pour les dessertes TER qui ne sortent pas de son territoire si et seulement si :
- la Région devient membre du SYTRAL
- la Région confie au SYTRAL lors de son adhésion les sommes qu'elle consacre actuellement aux services qu'elle va lui déléguer
- le service technique du SYTRAL qui s'occupe des dessertes est mutualisé avec le service de la Région qui s'occupe des TER sur le reste du territoire régional
Le deuxième point est un mécanisme fréquemment utilisé lors des extensions de périmètres d'intercommunalités : le département donne à l’intercommunalité les sommes qu'il dépensait auparavant sur le territoire qui a rejoint l’interco.